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L’analyse de l’ADN pour accélérer le diagnostic de la tuberculose à Iqaluit
le 23 mars 2015
Les résultats d’une étude ont incité le gouvernement du Nunavut à financer l’adoption de l’analyse de l’ADN pour le diagnostic de la tuberculose
Dans le Nord canadien, où les analyses de dépistage prennent beaucoup plus de temps que dans les grands centres du pays, la tuberculose demeure une préoccupation de taille en matière de santé publique. Dans un article publié dans la revue CHEST Journal, des chercheurs d’Iqaluit, d’Ottawa et de Montréal montrent qu’il est possible de réduire considérablement le temps nécessaire au diagnostic et au début du traitement de cette maladie infectieuse au Nunavut grâce à une nouvelle technologie déployée directement à Iqaluit, qui permet d’obtenir rapidement des résultats fiables.
L’étude montre que l’utilisation d’un appareil d’analyse de l’ADN appelé GeneXpert (Cepheid Inc.) directement à l’hôpital d’Iqaluit permet d’accélérer considérablement le diagnostic de la tuberculose, particulièrement chez les patients dont les expectorations contiennent de faibles concentrations de la bactérie causant la maladie. Ainsi, le traitement peut commencer en moyenne 1,8 jour après le prélèvement, comparativement à 7,7 jours pour les patients ayant une forte concentration de la bactérie et à 37 jours pour ceux ayant une faible concentration.
Fort de ces résultats, le gouvernement du Nunavut vient d’annoncer dans le cadre de son budget de 2015 2016 un financement qui permettra de conserver l’appareil GeneXpert dans la capitale du territoire.
« Ces constatations permettront d’améliorer de beaucoup la qualité des soins que les cliniciens peuvent offrir pour gérer cette maladie dévastatrice qui persiste dans le Nord canadien – à l’échelle des patients individuels et de la collectivité, explique le Dr Gonzalo Alvarez, chercheur et pneumologue à l’Hôpital d’Ottawa et professeur agrégé à l’Université d’Ottawa. Nous sommes très heureux que le gouvernement du Nunavut ait choisi d’inclure le système GeneXpert dans sa stratégie de lutte contre la tuberculose. »
La prévalence de la tuberculose active au Nunavut est l’une des plus élevée au Canada. En 2014, 83 résidents du territoire ont été traités pour la tuberculose active, un taux d’infection 49 fois plus élevé que la moyenne canadienne. En dépit de cette prévalence élevée, il n’existe aucun laboratoire capable de dépister la tuberculose au Nunavut. Les échantillons doivent être envoyés à Ottawa pour analyse.
L’obtention rapide de résultats grâce à l’appareil GeneXpert signifie également que les gens peuvent être rapidement déclarés exempts de la maladie et ainsi être en mesure de prendre un vol commercial, de recevoir leur congé de l’hôpital, de retourner au travail ou de partir travailler dans un camp ou sur un navire.
En partenariat avec le gouvernement du Nunavut et la société Nunavut Tunngavik Inc. et avec l’aide financière des Instituts de recherche en santé du Canada, les Drs Gonzalo Alvarez et Madhukar Pai, professeur agrégé au Centre universitaire de santé McGill, ont mis à l’essai l’appareil de diagnostic de la tuberculose GeneXpert à Iqaluit, au Nunavut, dans le cadre d’une étude pragmatique qui a commencé en 2012.
L’appareil GeneXpert est en quelque sorte un laboratoire de table tout-en-un qui permet de déceler la présence du code génétique de la bactérie causant la tuberculose. Cette technologie a été utilisée avec succès dans des pays où la maladie fait beaucoup de victimes et où les ressources sont très limitées. Les Drs Alvarez et Pai voulaient savoir si l’appareil GeneXpert pouvait donner des résultats fiables dans le contexte du Nord canadien, afin de réduire les temps d’attente avant le début du traitement et surtout de restreindre la propagation de la maladie.
Pour ce faire, ils ont conçu une étude pour mettre la technologie à l’essai dans la pratique, en installant un appareil GeneXpert au sein même du laboratoire de l’hôpital de la collectivité. Lorsqu’un médecin soupçonnait un cas de tuberculose, une analyse était effectuée à l’aide de l’appareil GeneXpert et, selon la pratique habituelle, des échantillons d’expectorations étaient aussi envoyés au laboratoire d’Ottawa pour analyse. Le laboratoire d’Ottawa effectuait deux analyses : un frottis et une culture. Quand l’échantillon compte un grand nombre de bactéries causant la tuberculose, un frottis permet généralement de déceler la maladie. Si la concentration en bactéries est plus faible, le diagnostic se fait par une culture de l’échantillon, qui prend plus de temps mais donne des résultats fiables.
Dans la pratique, les choses se passent comme suit : un patient se présente à la clinique à cause d’une toux chronique, d’une fièvre persistante et d’une légère perte de poids. Si le médecin soupçonne la tuberculose, on prélève un échantillon d’expectoration. Le jour suivant, l’analyse au moyen de l’appareil GeneXpert révèle la présence d’une tuberculose active. Le patient entreprend un traitement intensif contre la tuberculose 1,8 jour après le prélèvement de l’échantillon. Puis, 7,7 jours après sa première visite à la clinique, les résultats du frottis effectué à Ottawa arrivent : aucune trace de tuberculose active n’a été détectée. Le 21e jour, le patient ne tousse plus. Il reprend du poids et n’a plus de fièvre. Plus de deux semaines après, au 37e jour, on obtient les résultats de la culture effectuée à Ottawa : l’analyse est positive. Sans l’appareil GeneXpert, c’est à ce moment seulement que le traitement aurait commencé.
« C’est dans des cas comme celui là, dans des régions éloignées où il n’y a aucun moyen de diagnostiquer la tuberculose sur place, que l’appareil GeneXpert peut faire une énorme différence, explique le Dr Pai, directeur adjoint du Centre international de la tuberculose de l’Université McGill. Les résultats de notre étude valident les recommandations des Normes canadiennes pour la lutte antituberculeuse, qui appuient le recours à cette technologie lorsqu’il n’est pas possible d’effectuer localement des analyses par frottis ou par culture. »
D’après les responsables de la santé publique au Nunavut, les deux tiers des cas de tuberculose survenus entre 1999 et 2011 ont pu être confirmés seulement par une culture, comme dans l’exemple cité plus haut.
L’article intitulé The feasibility, accuracy and impact of Xpert MTB.RIF testing in a remote Aboriginal community in Canada a été publié en ligne le 19 mars 2015 dans le revue CHEST Journal; l’étude a été financée par les Instituts de recherche en santé du Canada. Le gouvernement du Nunavut a acheté l’appareil GeneXpert et offert un appui non financier pour son installation et son utilisation sur place. Les coauteurs de l’étude sont : Deborah D. Van Dyk, Marc Desjardins, Abdool S. Yasseen, Shawn D. Aaron, D. William Cameron, Natan Obed, Maureen Baikie, Smita Pakhale, Claudia M. Denkinger et Hojoon Sohn.
Citations
« Les résultats de recherche confirment que cette nouvelle technologie permet de valider sans tarder les cas de tuberculose active dans le territoire. Un diagnostic et un traitement rapides contribuent à réduire la propagation de la maladie et constituent des facteurs importants dans notre stratégie d’éradication de la tuberculose au Nunavut. Je tiens à féliciter et à remercier le Dr Alvarez, les partenaires de recherche et nos professionnels de la santé pour leurs efforts collectifs afin d’implanter l’utilisation de la technologie GeneXpert à Iqaluit. »
—L’honorable Paul Okalik, ministre de la Santé, gouvernement du Nunavut
« Un délai de diagnostic plus court signifie que les patients peuvent recevoir un traitement et reprendre leurs activités plus rapidement. C’est un progrès très important pour nos familles et nos collectivités inuites, qui subissent les ravages de la tuberculose depuis des décennies. Grâce à des avancements comme celui là, nous savons que notre passé douloureux avec la tuberculose est derrière nous, et que nous avons maintenant accès facilement à un outil de diagnostic efficace et à un meilleur traitement. Je souhaite que cette technologie soit mise à la disposition de toutes les collectivités inuites du Nunavut touchées par la tuberculose. »
—Cathy Towtongie, présidente, Nunavut Tunngavik Inc.
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